Что такое список соседей в молекулярной динамике?

В моделировании молекулярной динамики важным шагом является создание списка соседей для каждой частицы, что включает в себя расчет расстояния для каждой пары частиц в пространстве моделирования.

Что такое список соседей?

Списки Verlet или соседние списки популярное устройство для ускорения вычисления несвязанных взаимодействий в молекулярной динамике и других моделированиях на основе частиц, в котором список взаимодействующих частиц для данной геометрии вычисляется один раз и повторно используется в течение нескольких временных шагов, пока геометрия не изменится ...

Сколько времени занимает моделирование молекулярной динамики?

Чтобы обеспечить численную стабильность, временные шаги в моделировании МД должны быть короткими, обычно всего несколько фемтосекунд (10–15 s) каждый. Большинство событий, представляющих биохимический интерес, например, функционально важные структурные изменения в белках, происходят во времени в наносекундах, микросекундах или дольше.

Какая часть моделирования молекулярной динамики является самой затратной в вычислительном отношении?

Как правило, самая затратная в вычислительном отношении часть МД-моделирования - это оценка этих дальнодействующих электростатических взаимодействий.

Что такое молекулярная динамика в дизайне лекарств?

Молекулярная динамика (МД) и родственные методы: близки к тому, чтобы стать обычным вычислительным инструментом для открытия лекарств. Их главное преимущество заключается в явном рассмотрении структурной гибкости и энтропийных эффектов.

Что такое классическое моделирование молекулярной динамики?

Моделирование молекулярной динамики с использованием сил, рассчитанных на основе эмпирических потенциалов, обычно называемая классической молекулярной динамикой, хорошо подходит для изучения образования первичных повреждений при облучении, взаимодействия дефектов с атомами газа деления, зарождения пузырьков газа, зернограничных эффектов на дефекты и эволюции пузырьков газа в ...

Интересные материалы:

Какой диапазон температур в климате?
Какой диапазон у atan2?
Какой диапазон у маршрутизатора Tenda?
Какой диод используется в схеме умножителя частоты?
Какой дисплей использует MI?
Какой дисплей используется в Poco X3?
Какой дисплей используется в Realme C2?
Какой дисплей используется в Redmi 9 Prime?
Какой дисплей используется в смартфоне?
Какой дисплей у Redmi Note 9 Pro?