Что такое объект Phyloseq?

Пакет phyloseq - это инструмент для импорта, хранения, анализа и графического отображения сложных данных филогенетического секвенирования, которые уже были сгруппированы в Операционные таксономические единицы (OTU), особенно когда есть связанные данные образца, филогенетическое дерево и / или таксономическое присвоение ОТЕ.

Как вы читаете объект phyloseq?

Компоненты объекта phyloseq, такие как таблица OTU, могут быть доступны через специальные функции доступаили `` аксессоры '', которые возвращают конкретную информацию о данных филогенетического секвенирования, если таковые имеются. Эти функции доступа доступны для прямого взаимодействия пользователей и зависимых функций / пакетов.

Как добавить образец данных в объект phyloseq?

Импортировать образцы данных из файла сопоставления

Импортируйте файл сопоставления с помощью функции import_qiime_sample_data () и сохраните его как объект с именем qsd. Объедините свой файл биома и образцы данных в один объект phyloseq, используя функция merge_phyloseq (). Прочтите примеры переменных, которые теперь присутствуют в вашем объекте.

Как вы комбинируете объекты Phyloseq?

Слияние выполняется, сначала разделяя объекты более высокого порядка на список их составляющих объектов; затем, объединяя любые объекты-компоненты одного класса в один объект в соответствии с к поведению, описанному в merge_phyloseq_pair ; и, наконец, воссоздание объединенного объекта в соответствии с поведением конструктора ...

Как комбинировать семплы в R?

Вообще говоря, вы можете использовать R для объединения различных наборов данных тремя способами: Добавляя столбцы: Если два набора данных имеют одинаковый набор строк и порядок строк идентичен, то добавление столбцов имеет смысл. Ваши варианты для этого - данные. frame или cbind ().

Почему мы используем OTU?

OTU являются используется для классификации бактерий на основе сходства последовательностей. В подходах к метагеномике 16S OTU представляют собой кластер схожих вариантов последовательности маркерного гена 16S рДНК.

Как сделать таблицу OTU?

Сделайте таблицу OTU из карта OTU (т.е. результат pick_otus.py) и файл назначения таксономии (т.е. результат assign_taxonomy.py). Запишите выходной файл в otu_table. биом.

Интересные материалы:

Как мне начать пользоваться планшетом?
Как мне начать работу с Feedly?
Как мне начать употреблять семена чиа?
Как мне найти человека, с которым я учился в колледже?
Как мне найти людей, с которыми я учился в средней школе, на Facebook?
Как мне написать письмо-заявку без опыта?
Как мне настроить роутер с рекламной ссылкой?
Как мне настроить свой собственный почтовый сервер с моим собственным доменом?
Как мне объединить почту с Gmail?
Как мне объединить пустой диск с диском C?